(vchal/iStock/Getty Images) Pour surveiller les modifications apportées à la coronavirus qui pourrait surcharger le pandémie ou rendre les vaccins moins efficaces, les scientifiques doivent séquencer son code génétique pour répertorier les mutations potentiellement dangereuses à mesure qu'elles émergent.
Mais si peu de pays mènent et partagent une surveillance que les experts s'inquiètent autant des mutations qu'ils ne peuvent pas voir que de celles qu'ils peuvent.
Parution du première séquence génomique du SRAS-CoV-2 en janvier de l'année dernière, au tout début de la pandémie, a permis aux scientifiques de l'identifier comme un nouveau coronavirus et de commencer à développer des tests de diagnostic et des vaccins.
Depuis, des dizaines de milliers de séquences ont été téléchargées sur des bases de données publiques, permettant de suivre les mutations avec un degré de détail et une rapidité jamais atteints auparavant.
Mais la part du lion de ces informations provient d'un seul pays : la Grande-Bretagne.
Depuis la mi-janvier, GISAID – une importante plateforme de partage de données créée à l'origine pour surveiller la grippe – avait reçu 379 000 séquences.
Parmi eux, 166 000 provenaient de la Grande-Bretagne COVID-19 Génomique Royaume-Uni (COG-UK), un partenariat entre les autorités sanitaires et les institutions académiques.
'C'est la première fois que nous voyons comment un agent pathogène évolue à cette échelle', a déclaré Ewan Harrison, directeur de la stratégie et de la transformation chez COG-UK et membre du Wellcome Sanger Institute, où une grande partie du séquençage est en cours.
'Nous apprenons que ces mutations s'accumulent beaucoup plus rapidement que nous ne le pensions.'
Actuellement, le programme séquence 10 000 génomes par semaine – environ 6% des cas connus en Grande-Bretagne, bien que cela fluctue – et le plan est de doubler cela.
'Le Royaume-Uni fait sauter tout le monde hors de l'eau', a déclaré Emma Hodcroft, épidémiologiste à l'Université de Berne et co-développeuse du Projet de suivi des virus Nextstrain .
'Pour moi, cela a été le moonshot de la pandémie, aux côtés des vaccins.'
Le Danemark, a-t-elle noté, séquence et partage également régulièrement des données, mais les informations provenant de la plupart des autres pays sont au mieux sporadiques.
Le séquençage a identifié des variantes distinctes – des souches qui ont acquis des grappes de nouvelles mutations – en Grande-Bretagne, en Afrique du Sud et au Brésil ces dernières semaines.
La nouvelle variante à propagation rapide au Royaume-Uni est 'comme une mini-pandémie au sein de la pandémie', a déclaré Harrison.
Mais sans surveillance systématique, a-t-il ajouté, les scientifiques n'auraient peut-être toujours pas compris que cela changeait la donne.
L'alerte précoce n'a pas empêché la propagation de la variante - elle a été détectée dans des dizaines de pays. Mais il a permis à d'autres nations de se préparer.
Sans l'avertissement des scientifiques britanniques, le monde volerait probablement à l'aveugle, a déclaré Hodcroft.
'Si cela se développait dans un autre pays, nous regarderions simplement quel que soit le pays et nous dirons:' Oh, ils ont une mauvaise augmentation des cas, je suppose que les gens ne suivent pas les directives '', a-t-elle déclaré à l'AFP. .
D'autres variantes ne sont devenues visibles que lorsqu'elles se sont propagées à l'échelle internationale à partir de leur point d'origine.
Plus tôt ce mois-ci, par exemple, une nouvelle souche – porteuse d'une mutation, connue sous le nom de E484K, dont les chercheurs craignent qu'elle puisse échapper à l'immunité – a été identifié au Japon chez les personnes arrivant du Brésil.
'Des yeux et des oreilles'
La Organisation mondiale de la santé a déclaré qu'une meilleure capacité de séquençage est une priorité mondiale.
Maria Van Kerkhove, l'OMS COVID-19 [feminine] responsable technique, a récemment décrit le nombre de séquences partagées jusqu'à présent comme 'étonnant', mais a déclaré qu'elles provenaient d'une poignée de pays seulement.
'L'amélioration de la couverture géographique du séquençage est essentielle pour que le monde ait des yeux et des oreilles sur les changements virus '', a-t-elle déclaré sur un forum en ligne.
De nouvelles directives de l'OMS ont déclaré qu'une «révolution» dans l'investigation génomique des virus a aidé à mieux comprendre tout, de Ebola à la grippe.
Et maintenant, il a déclaré: 'Pour la première fois, le séquençage génomique peut aider à guider la réponse de santé publique à une pandémie en temps quasi réel.'
Lorsqu'un autre coronavirus, le SRAS, a commencé à se propager en 2002, seules trois variantes du génome ont été partagées publiquement au cours du premier mois et 31 au cours du troisième mois.
Cette fois, six génomes étaient disponibles pour les chercheurs du monde entier quelques semaines après l'apparition du virus. En six mois, 60 000 variantes ont été publiées.
Au départ, le nouveau coronavirus ne présentait pas beaucoup de diversité génétique, a déclaré Hodcroft, même s'il 'a explosé à travers l'Europe' en raison principalement de voyages à grande échelle.
Mais cette absence de mutation était un indice important en soi.
'Nous avons pu voir qu'elle semblait vraiment provenir de Chine, car toutes les autres séquences qui ont été détectées dans le monde se sont imbriquées dans la diversité des séquences chinoises', a-t-elle déclaré à l'AFP.
Au cours de l'été 2020, de nouvelles souches sont apparues, remplaçant les incarnations antérieures du virus.
Mutations émergentes
Des mutations sont à prévoir dans l'évolution viraleet se produisent lorsqu'un agent pathogène infecte quelqu'un et entreprend de se répliquer.
La plupart de ces nouvelles souches ne confèrent aucun avantage au virus, et certaines sont même préjudiciables. Mais parfois, une mutation augmente l'infectiosité ou provoque une maladie plus grave.
SRAS-CoV-2 capte les changements à un rythme plus lent que d'autres virus , Comme VIH ou la grippe. Mais plus un virus infecte de personnes, plus le risque de mutation est grand.
Cela devient encore plus probable chez une personne atteinte d'une maladie chronique - une exposition prolongée à un système immunitaire affaibli donne au virus plus de temps pour accumuler de multiples mutations.
Harrison a déclaré que c'est peut-être ainsi que la nouvelle variante est apparue au Royaume-Uni, et les chercheurs séquencent maintenant les tests de patients immunodéprimés, ainsi que de personnes dont le vaccin a échoué.
'Nouvelle vision'
Le séquençage systématique à l'échelle nationale a donné aux chercheurs de nouvelles connaissances sur la transmission virale.
Dans un cas, cela a permis d'identifier un minibus comme étant le coupable d'une épidémie hospitalière.
A plus grande échelle, une analyse de dizaines de milliers de séquences du SARS-CoV-2, Publié dans La science ce mois-ci , ont constaté que les voyages abondants et les importations de virus au Royaume-Uni au début de la épidémie ensemencé plus d'un millier de lignées de transmission.
La prochaine étape consiste à tester comment différentes mutations affectent la transmission, la gravité de la maladie et l'efficacité du vaccin, et à prédire le plus rapidement possible comment une nouvelle variante pourrait se comporter.
La L'OMS a dit le séquençage global aidera à « mieux comprendre le monde des agents pathogènes émergents et leurs interactions avec les humains et les animaux dans une variété de climats, d'écosystèmes, de cultures, de modes de vie et de biomes ».
'Ces connaissances façonneront une nouvelle vision du monde et ouvriront de nouveaux paradigmes dans la prévention et le contrôle des épidémies et des pandémies.'
Mais le séquençage à grande échelle est logistiquement complexe.
'Il y a eu des semaines où les choses ne fonctionnaient pas correctement, car vous construisez les systèmes à partir de zéro au rythme, au milieu de la pandémie', a déclaré Harrison.
L'Institut Sanger stocke les dizaines de milliers d'échantillons qu'il reçoit chaque jour dans d'immenses congélateurs de conteneurs d'expédition et a dû construire une infrastructure robotique pour aider à les trier.
Pour des raisons juridiques, COG-UK a décidé de partager un minimum d'informations sur les séquences afin de les rendre publiques, a déclaré Harrison. Le problème constituait un obstacle pour d'autres pays, en particulier ceux qui dépendaient de prestataires de soins de santé privés conservant la propriété des données.
Les coûts sont également un défi dans de nombreuses régions du monde, mais Hodcroft a déclaré que les pays plus riches comme les États-Unis et ceux d'Europe n'avaient aucune excuse.
'Il n'y a aucune raison pour laquelle nous n'avons pas de réponses de séquençage coordonnées, sauf … que nous n'avons pas décidé de le faire', a-t-elle déclaré.
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