(NIAID/Wikimedia Commons/CC BY 2.0) 
L'Islande a séquencé génétiquement tous ses positifs COVID-19 [feminine] cas depuis le début de la pandémie , une pratique de plus en plus vitale alors que de nouvelles souches inquiétantes émergent de Grande-Bretagne et d'Afrique du Sud.
La Organisation mondiale de la santé vendredi, a exhorté tous les pays à accélérer le séquençage du génome pour aider à lutter contre les variantes émergentes.
Les scientifiques du laboratoire du groupe biopharmaceutique islandais deCODE Genetics à Reykjavik ont travaillé sans relâche au cours des 10 derniers mois, analysant chaque résultat positiftest de coronavirusen Islande à la demande des autorités sanitaires du pays.
L'objectif est de retracer chaque cas afin d'éviter que des cas problématiques ne passent à travers le filet.
«Il nous faut relativement peu de temps pour effectuer le séquençage proprement dit», explique le chef du laboratoire, Olafur Thor Magnusson, ajoutant qu'«environ trois heures» suffisent pour déterminer le virus souche.
L'ensemble du processus, de l'isolement de l'ADN à son séquençage, peut prendre jusqu'à un jour et demi et a permis à l'Islande d'identifier 463 variantes distinctes - que les scientifiques appellent haplotypes.
Avant le séquençage, l'ADN de chaque échantillon est d'abord isolé, puis purifié à l'aide de billes magnétiques.
Les échantillons sont ensuite acheminés vers une salle massive et lumineuse remplie d'équipements, où un son assourdissant émane de petites machines ressemblant à des scanners.
Les machines sont des séquenceurs de gènes qui cartographient le roman coronavirus génome.
Leader mondial
À l'intérieur de chaque machine se trouve une boîte noire appelée «flow cell», une lame de verre qui contient les molécules d'ADN.
Cette technologie a joué un rôle important en Islande depuis le début de la pandémie.
'Le séquençage des échantillons est essentiel pour nous aider à suivre l'état et le développement de la épidémie '', a déclaré à l'AFP le ministre de la Santé, Svandis Svavarsdottir.
Les autorités ont utilisé les informations de séquençage pour décider de mesures précises et ciblées pour freiner la propagation du virus, a-t-elle déclaré.
Alors que la variante sud-africaine n'a pas été détectée en Islande, 41 personnes ont été identifiées comme porteuses de la variante britannique.
Tous ont été arrêtés à la frontière – où des tests PCR sont effectués sur les voyageurs – empêchant efficacement la transmission de la variante sur l'île subarctique.
L'identification ADN a également permis d'établir un lien clair entre les visiteurs d'un pub du centre de Reykjavik et la majorité des infections d'une nouvelle vague à la mi-septembre – conduisant les autorités à fermer les bars et boîtes de nuit de la capitale.
Le séquençage a également identifié une souche distincte chez deux touristes français testés positifs à leur arrivée en Islande, et qui ont été initialement accusés – à tort – d'être à l'origine de la poussée de septembre.
Tous les quelque 6 000 cas de COVID-19 signalés en Islande ont été séquencés, ce qui en fait le leader mondial du séquençage du COVID.
Alors que plusieurs pays, tels que la Grande-Bretagne, le Danemark, l'Australie et la Nouvelle-Zélande, effectuent des niveaux élevés de séquençage, aucun d'entre eux ne se rapproche des niveaux de l'Islande, bien que les statistiques mondiales soient incomplètes.
Un jeu d'enfant
Alors pourquoi l'Islande est-elle si en avance sur le jeu ?
La cartographie génétique est la spécialité de deCODE.
Fondée en 1996, la société a réalisé la plus grande étude génétique jamais réalisée sur une population.
Pour une étude de 2015 sur cancer facteurs de risque, il a séquencé le génome entier de 2 500 Islandais et étudié le profil génétique d'un tiers des 330 000 habitants de l'époque.
Comparé à cela, le séquençage des échantillons de COVID-19 est un jeu d'enfant.
'C'est très simple de séquencer ce génome viral : ce n'est que 30 000 nucléotides, ce n'est rien', ironise Kari Stefansson, fondatrice et directrice générale de l'entreprise, âgée de 71 ans.
En comparaison, le génome humain normalement analysé dans ses laboratoires se compose de 3,4 milliards de paires de nucléotides, ou molécules organiques, ajoute-t-il.
Bien que le séquençage rigoureux de l'Islande ait été utile pour suivre la propagation du virus, il n'a pas encore conduit à des découvertes scientifiques majeures pour deCODE.
'S'il y a des différences entre virus avec les diverses mutations de modèle, elles ne sont pas très évidentes. Pas suffisamment évident pour que nous le reprenions », déclare Stefansson.
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